Emar vücuttaki protonları bir alanla hizalanmaya zorlayan güçlü bir manyetik alan üreten güçlü mıknatıslar kullanır. Bir radyofrekans akımı verildiğinde protonlar uyarılır ve manyetik alanın çekilmesine karşı süzülerek denge dışına çıkar. Radyofrekans alanı kapatıldığında, emar sensörleri , protonlar manyetik alanla aynı hizaya geldiklerinde salınan enerjiyi algılayabilir. Protonların manyetik alanla yeniden hizalanma süresi, salınan enerji miktarı, çevreye ve moleküllerin kimyasal yapısına bağlı olarak değişir.
Emar görüntüsü elde etmek için, hasta büyük bir mıknatısın içine yerleştirilir ve görüntüyü bulanıklaştırmamak için görüntüleme işlemi sırasında hastanın hareketsiz kalması gerekir. Kontrast ajanları , protonların manyetik alanla hizalandığı hızı arttırmak için
emar dan önce veya sırasında intravenöz yoldan hastaya verilebilir. Protonlar ne kadar hızlı hızalanırsa, görüntü o kadar parlak olur.